STUDIU PRIVIND SECVENȚIEREA GENOMULUI VIRSULUI SARS-CoV-2

În desfășurare

CONTEXT

Echipele de cercetare depun eforturi uriașe la nivel global pentru secvențierea tulpinilor de SARS-CoV-2. Acest proces este foarte important pentru identificarea originii virusului, a surselor de proveniență ale epidemiilor din diferite regiuni și a dinamicii transmiterii intra și intercomunitare. Înțelegerea modului de răspândire este esențială pentru lupta pe care o ducem cu toții împotriva acestui virus. Mai mult, secvențirea genomului ar putea ajuta mult la dezvoltarea tratamentelor și a vaccinurilor viitoare.

Pe de altă parte, este foarte importantă analiza mutațiilor care apar la virus. Pe parcursul unei epidemii este posibil să apară anumite mutații care să provoace forme mai grave sau poate mai ușoare de boală. În egală măsură, este posibil să apară noi tulpini care ar putea să îi permită virusului reinfecția persoanelor care deja au trecut prin boală și sunt imuni la varianta mai “veche” a virusului. Mai mult, mutațiile ar putea să facă virusul imun la eventualele tratamente dezvoltate și să facă vaccinurile ineficiente.

MedLife desfășoară cu resurse umane și operaționale proprii un proces amplu de secvențiere a genomului virusului SARS-CoV-2 pentru a identifica informații noi, relevante pentru piața locală, care pot contribui la adaptarea strategiei naționale de luptă împotriva COVID-19.

Coordonator științific al studiului de secvențiere: Dumitru Jardan, biolog principal, doctor în științe medicale, coordonatorul departamentului de biologie moleculară MedLife

ETAPA I - iunie 2020

Originea virusului SARS-CoV-2

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Care este originea virusului SARS-CoV-2 care circulă pe teritoriul României?
  • Cum s-a transmis virusul pe teritoriul țării noastre?
  • Care este probabilitatea de reinfectare a pacienților videcați de COVID-19?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa I)

Iunie 2020

Eșantion

Eșantion

Au fost secvențiate 54 de probe provenite atât de la pacienți simptomatici, cât și asimptomatici, din 7 orașe ale țării: București, Galați, Suceava, Cluj, Focșani și Tulcea.

Metoda de secvențiere

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Virusul SARS-CoV-2 care circulă pe teritoriul României provine cu certitudine din Wuhan.

Virusul din România are identitate de secvență de 99,97% cu virusul original identificat în China, în medie fiind identificate 9 mutații per genom, numărul maxim fiind de 13. Așadar, nu este o teorie a conspirației, noul coronavirus este originar din Wuhan și a ajuns în România trecând prin Europa.

2 Cel mai probabil, răspândirea virusului SARS-CoV-2 în România s-a făcut local, prin transmitere intracomunitară la nivelul regiunilor țării și mai puțin prin importul direct din afara țării.

Pe lotul de studiu s-a observat că în fiecare focar diversitatea genetică a virusurilor este relativ mică, fiind detectate diferențe notabile mai degrabă între focare, ceea ce înseamnă că în fiecare focar au fost puțini oameni care au adus virusul din afara țării, transmiterea virusului fiind în mare parte intracomunitară. Acest lucru se datorează, probabil, și restricțiilor de circulație impuse în perioada stării de urgență.

3 În acest moment, este foarte puțin probabil ca pacienții care au trecut prin boală să se poată reinfecta.

Gena S este cea mai importantă genă pentru infecțiozitatea virusului întrucât codifică o proteină ce se leagă direct de receptorul de pe suprafața celulelor umane, aceasta fiind deseori ținta unui răspuns imun antiviral. Mutațiile identificate la nivelul genei S în cadrul studiului NU susțin teoria legată de faptul că virusul ar fi capabil de reinfecție. În viitor, însă, situația s-ar putea modifica. Cercetătorii la nivel mondial studiază îndeaproape modificările care apar la nivelul acestei gene pentru a identifica din timp dacă virusul a suferit această mutație, aceasta fiind cea care ar putea totuși duce la o reinfecție.

Nu în ultimul rând, secvențierea genomului pentru acest virus a permis verificarea metodei de detectare a virusului SARS-CoV-2 folosită în Sistemul Medical MedLife. Metoda utilizată la pacient se bazează pe identificarea unor secvențe din genomul virusurilor, iar mutațiile care pot apărea în aceste secvențe interferă cu funcționarea testului. Echipa de studiu a arătat că mutațiile identificate la pacienții din România nu interferă cu metoda folosită. În consecință, a fost validat faptul că virusul nu a suferit mutații care să îl facă mai greu detectabil.

ETAPA II – decembrie 2020

Tulpina britanică B1.1.7 în România

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Este tulpina britanică B1.1.7 prezentă în România?
  • Sunt vaccinurile eficiente împotriva mutațiilor deja existente?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa II)

Decembrie 2020

Eșantion

Eșantion

Au fost secvențiate 60 de probe provenite din Brașov, Cluj, Timișoara, Sibiu și București

Metoda de secvențiere

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Tulpina britanică B1.1.7 nu a fost identificată, deocamdată, pe teritoriul României.

Noua variantă a coronavirusului, despre care specialiștii spun că ar putea fi cu până la 70% mai contagioasă, nu a fost identificată încă la pacienți din România. Această tulpină a apărut inițial în Marea Britanie, ulterior fiind confirmată mai multe țări, precum Italia, Danemarca, Olanda, Franța, Spania, Portugalia, Australia și Canada.

2 Formele virusului care circulă pe teritoriul țării noastre sunt recunoscute de vaccinul Pfizer-BioNTech.

În urma analizării tulpinilor de SARS-CoV-2, specialiștii diviziei de cercetare anunță că formele virusului care circulă în acest moment pe teritoriul țării noastre sunt recunoscute de vaccinul Pfizer-BioNTech, acesta fiind un motiv în plus pentru ca pacienții români să se înscrie în campania de vaccinare.

3 Probabilitatea ca mutațiile virusului să permită reinfectarea persoanelor vindecate este mică.

Gena S este cea mai importantă genă pentru infecțiozitatea virusului întrucât codifică o proteină ce se leagă direct de receptorul de pe suprafața celulelor umane, aceasta fiind deseori ținta unui răspuns imun antiviral. Mutațiile identificate la nivelul genei S în cadrul studiului NU susțin teoria legată de faptul că virusul ar fi capabil de reinfecție.

ETAPA III – ianuarie 2021

Evoluția cazurilor de infectare cu tulpina britanică B1.1.7 în România

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Câte cazuri de infectare cu tulpina B1.1.7 au fost identificate în urma procesului de secvențiere?
  • Au fost identificate și alte tulpini ale virusului pe teritoriul României?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa III)

13 – 21 Ianuarie 2021

Eșantion

Eșantion

Au fost secvențiate 79 de probe provenite din București, Cluj, Vâlcea, Galați, Târgoviște, Slobozia, Călărași.

Metoda de secvențiere

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Numărul pacienților identificați cu tulpina din Marea Britanie este în creștere.

Din 79 de probe analizate, 10 conțin tulpina britanică B1.1.7, ceea ce înseamnă o prevalență de 12,6% pe lotul analizat. Probele cu tulpina britanică sunt distribuite astfel: 6 în București, 2 în Vâlcea și 2 în Cluj. Având în vedere că această tulpină este cunoscută ca fiind mai contagioasă, există șanse să devină tulpina dominantă în România, așa cum s-a întâmplat și în alte state.

2 Tulpina din Africa de Sud nu a fost identificată pe lotul analizat.

În această etapă a secvențierii nu au fost identificate alte tulpini ale virusului SARS-CoV-2 pe lotul de probe analizat.

ETAPA IV – ianuarie 2021

Evoluția cazurilor de infectare cu tulpina britanică B1.1.7 în România

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

Câte cazuri noi de infectare cu tulpina B1.1.7 au fost identificate în România?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa IV)

25 - 29 ianuarie 2021

Eșantion

Eșantion

Au fost secvențiate 90 de probe provenite din București, Vâlcea, Cluj, Tecuci, Targoviște, Ploiești, Timișoara, Reșița, Hunedoara, Focșani, Lugoj, Chișineu Criș, Slatina, Olt

Metoda de secvențiere

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Au fost identificate 24 de cazuri noi de infectare cu tulpină din Marea Britanie în România.

Din 90 de probe analizate, 24 conțin tulpina britanică B.1.1.7. Probele cu această tulpină provin din București – 19 probe, Cluj – 2 probe, Tecuci – 1 probă, Reșița – 1 probă, Timișoara – 1 probă. Astfel, prevalența pe lotul analizat ajunge la 26,6%.

Dacă dinamica se păstrează, șansele ca noua tulpină să devină dominată în următoarele săptămâni sunt foarte mari.

ETAPA V – februarie 2021

Evoluția cazurilor de infectare cu tulpina britanică B1.1.7 în România

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Câte cazuri noi de infectare cu tulpina B1.1.7 au fost identificate în România?
  • Sunt eficiente vaccinurile împotriva tulpinii britanice?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa V)

3 – 11 februarie 2021

Eșantion

Eșantion

Au fost secvențiate 90 de probe provenite din București, Brăila, Galați, Timișoara, Clu, Focșani, Ploiești, Pitești, Turda, Târgu Jiu, Vaslui

Metoda de secvențiere

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Jumătate din probele secvențiate conțin tulpina britanică.

Dintr-un lot de 90 de probe analizate, 45 conțin tulpina B1.1.7 a coronavirusului, descoperită în Marea Britanie. Acestea provin de la pacienți din diferite orașe ale țării: București – 26 de cazuri, Brăila – 1 caz, Galați – 2 cazuri, Timișoara – 6 cazuri, Cluj - 3 cazuri, Focșani – 1 caz, Ploiești – 1 caz, Pitești -1 caz, Turda – 1 caz, Tg. Jiu – 2 cazuri, Vaslui – 1 caz.

Prevalența cazurilor identificate cu tulpina britanică pe loturile MedLife aproape s-a dublat în decurs de două săpătămâni. Considerând că eșantionul analizat este reprezentantiv, datele confirmă faptul că, cel mai probabil, această tulpină a devenit deja varianta dominantă în marile orașe ale țării, urmând, cel mai probabil, să devină tulpina cu cea mai mare frecvență în următoarele 3-5 săptămâni la nivel național.

2 Cele trei vaccinuri disponibile pe piața din Europa sunt eficiente împotriva variantelor de coronavirus aflate în circulație.

Potrivit experților internaționali în sănătate publică, toate cele trei vaccinuri disponibile pe piața europeană (Pfizer/BioNTech, Moderna și AstraZeneca) sunt eficiente împotriva variantelor de coronavirus aflate în circulaţie, inclusiv împotriva tulpinii britanice. Pe de altă parte, specialiștii nu exclud nevoia de adaptare a vaccinului, pe viitor, pentru a face față noilor mutații ale virusului.

ETAPA VI – februarie 2021

Primele cazuri de infectare cu tulpina sud-africană în România

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Câte cazuri de infectare cu tulpina din Africa de Sud au fost identificate în România?
  • Câte cazuri noi de infectare cu tulpina britanică au fost identificate în România?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa VI)

20-24 februarie 2021

Eșantion

Eșantion

Au fost secvențiate 93 de probe, provenite din București, Constanța, Dâmbovița, Cluj, Prahov, Ilfov, Galați, Teleorman

Metoda de secvențiere

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Au fost identificate primele două cazuri de infectare cu tulpina sud-africană pe teritoriul României.

În urma analizării unui nou lot de 93 de probe, specialiștii au identificat primele două cazuri de infectare cu tulpina B.1.351 a coronavirusului, originară în Africa de Sud, pe teritoriul României. Una dintre probe provine de la un pacient din București, iar cealaltă este a unei persoane din Pitești.

2 Încă 72 de cazuri de infectare cu tulpina britanică B1.1.7.

În această etapă a secvențierii au fost identificate încă 72 de cazuri de infectare cu tulpina britanică B.1.1.7, ceea ce înseamnă o prevalență de 77% pe lotul analizat. Cazurile de infectare cu tulpina britanică provin din București – 61 de pacienți, din Constanța – 4 pacienți, din Dâmbovița – 2 pacienți, din Prahova – 1 pacient, din Ilfov – 1 pacient, din Galați – 1 pacient, din Cluj – 1 pacient și din Teleorman – 1 pacient.

Astfel, în mai puțin de 2 luni, numărul cazurilor cu tulpina britanică a crescut de 6 ori (de la 12% în luna ianuarie la 77% în prezent), cel puțin pe loturile analizate în cadrul studiului MedLife. Răspândirea acestei tulpini explică și trendul ascendent în ceea ce privește infectările și numărul persoanelor internate la ATI în ultima perioadă.

Numărul cazurilor raportate de infectare cu tulpina britanică a ajuns la 272 în România, dintre care nu mai puțin de 151 au fost identificate de specialistii MedLife, restul fiind detectate de instituțiile publice.

ETAPA VII – aprilie 2021

92 de cazuri cu tulpina britanică B.1.1.7 din 92 de probe secvențiate

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Cum a evoluat răspândirea tulpinii britanice pe teritoriul României?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa VII)

Martie - Aprilie 2021

Eșantion

Eșantion

92 de probe, provenite din: București, Olt, Brașov, Dâmbovița, Teleorman, Prahova, Galați, Constanța, Argeș, Brăila, Covasna, Hunedoara, Ialomița și Sibiu.

microscope

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Un întreg lot de probe secvențiate a fost identificat cu tulpina britanică B.1.1.7.

Potrivit raportului aferent acestei etape, probele analizate și identificate cu tulpina B.1.1.7 provin din următoarele județe: București – 46 de cazuri, Olt – 10 cazuri, Brașov – 9 cazuri, Dâmbovița – 6 cazuri, Teleorman – 5 cazuri, Prahova, Galați și Constanța – câte 3 cazuri, Argeș – 2 cazuri; Brăila, Covasna, Hunedoara, Ialomița și Sibiu câte un caz.

Pe de altă parte, pe lotul analizat nu au fost identificate alte tulpini de interes epidemiologic, precum tulpina sud-africană sau braziliană.

2 Prevalența tulpinii britanice pe loturile MedLife a crescut de mai bine de 8 ori în mai puțin de trei luni.

De la începutul pandemiei și până în această etapă, MedLife a secvențiat în laboratoarele proprii aproape 800 de probe, identificând mai mult de jumătate din cazurile de infectare cu tulpina britanică raportate la nivel național.

În mai puțin de trei luni, prevalența acestei tulpini pe loturile analizate a crescut într-un ritm accelerat, de la 12% la finalul lunii ianuarie la 77% la începutul lunii martie și ajungând, în prezent, la 100%. În acest context, dar și ținând cont de faptul că presiunea pe spitale a crescut, iar evoluția campaniei de vaccinare este una lentă, specialiștii recomandă, în continuare, precauție și respectarea măsurilor de protecție.

ETAPA VIII – 8 februarie 2022

Evoluția tulpinii Omicron pe teritoriul României și urmărirea subvariantei BA.2

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Cum a evoluat răspândirea tulpinii Omicron pe teritoriul României?
  • Câte cazuri cu subvarianta Omicron BA.2 au fost identificate pe lotul studiat?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare (etapa VIII)

Februarie 2022

Eșantion

Eșantion

94 de probe, provenite din București, Brăila, Bacău, Constanța, Galați, Ialomița, Iași, Piatra Neamț, Pitești, Ploiești și Târgoviște.

microscope

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Procentul probelor cu tulpina Omicron este de 100% pe lotul studiat.

În urma secvențierii unui nou lot de 94 de probe COVID-19 pozitive, selectate în mod aleatoriu, s-a observat că toate au fost identificate cu tulpina Omicron a coronavirusului. Specialiștii anunță că în această etapă nu au fost identificate probe cu tulpina Delta.

2 Trei cazuri identificate cu subvarianta BA.2 pe lotul curent.

Din cele 94 de probe confirmate cu tulpina Omicron, doar 3 au fost identificate cu subvarianta BA.2, despre care specialiștii spun că este posibil să fie mai contagioasă decât varianta principală a tulpinii. Menținerea unei valori scăzute a numărului de infectări cu această subvariantă pare să indice o răspândire lentă a acesteia pe teritoriul României.

Având în vedere datele disponibile la acest moment, specialiștii estimează că, cel mai probabil, numărul cazurilor COVID-19 pozitive se va stabiliza în perioada următoare, pentru ca mai apoi să scadă treptat. În situația unui scenariu pesimist, în care subvarianta BA.2 ar putea să prindă avânt sau în cazul în care persoanele infectate cu Omicron se vor putea infecta cu tulpina Delta sau cu alte subvariante, sunt șanse ca valul 5 al pandemiei să se prelungească.

ETAPA IX – 21 februarie 2022

Evoluția cazurilor de infectare cu subvarianta BA.2

ÎNTREBĂRI DE CERCETARE

  • Cum a evoluat răspândirea subvariantei BA.2 pe loturile studiate?

ABORDARE METODOLOGICĂ

Perioada de desfășurare

Perioada de desfășurare

Februarie 2022

Eșantion

Eșantion

171 de probe, provenite din Brașov, Constanța, Vaslui, Iași, Galați, Tulcea, București și Târgoviște.

microscope

Metoda de secvențiere

Dezvoltată de CDC (Centers for Disease Control) din Statele Unite ale Americii, fiind o metodă care permite secvențierea completă a genomului viral.

CONCLUZII

1 Prevalența subvariantei BA.2 a crescut de până la 9 ori în ultimele două săptămâni.

Concluziile acestei etape a studiului arată că, din cele 171 de probe secvențiate, 46 au fost depistate cu subvarianta BA.2 a virusului. Restul de 124 de probe conțin varianta inițială BA.1. și o probă - varianta B.1.1.161 (o tulpină cunoscută de aproximativ un an, dar care în acest moment nu prezintă interes).

Așadar, prevalența infectărilor cu BA.2 a înregistrat o creștere importantă în ultimele două săptămâni, de data aceasta fiind identificate de aproape 9 ori mai multe cazuri față de ultima secvențiere făcută în laboratorul MedLife (evoluție de la 3% la 27% în interval de 2 săptămâni pe lotul de studiu MedLife).

Cele mai multe cazuri cu subvarianta BA.2 provin din Brașov și București.

2 Subvarianta BA.2 se aseamănă cu tulpina Delta.

Dincolo de gradul ridicat de contagiozitate și de răspunsul limitat la vaccin, se pare că subvarianta BA.2 se aseamănă cu tulpina Delta din punct de vedere al severității bolii, având capacitatea de a provoca forme mai grave. De aceea, specialiștii se raportează cu precauție la finalului valului 5 al pandemiei, mai ales în contextul răspândirii subvariantei BA.2.

În ultimele 12 săptămâni, MedLife a secvențiat 586 de probe provenite din cele mai importante orașe din țară pentru a monitoriza evoluția tulpinii Omicron pe teritoriul României.

ECHIPA DE CERCETARE

Coordonator științific al studiului:

Dumitru Jardan

biolog principal, doctor în științe medicale, coordonatorul departamentului de Biologie Moleculară MedLife

©2022 Acest site este proprietatea Medlife S.A. Toate drepturile rezervate.